Vår hypotes, tvärt emot de förhärskande modellerna, är att sjukdomen ulcerös kolit beror på defekter i tjocktarmens inre mukuslager som leder till att bakterier kan penetrera detta och sätta igång en inflammatorisk reaktion när bakterierna når ner till epitelcellerna. Vi skall nu vidare utreda de molekyler och de förändringar som dessa genomgår i tjocktarmen så att slemmet först skall bilda en tätt slemlager, sitta fast, sedan lossna och expandera i volym och bli hemvist för tarmens alla bakterier. Det mesta av dessa händelser sker runt MUC2 mucinet som kommer att förändras bland annat genom att man klipper sönder detta på olika platser. Förutom MUC2 så finns det många andra proteiner som vi tror eller vet är viktiga för hur det inre slemlagret skall fungera på rätt sätt. Det finns sannolikt många olika orsaker till att detta inre slemlager kan svikta, allt ifrån genetiska defekter i MUC2 mucinet till särskilt aggressiva bakterier som bildar, precis om vi visat för en parasit, enzymer som kan göra att det inre slemlagret bryts sönder. Vi skall nu samla in material från ett stort antal patienter med ulcerös kolit. I detta material så skall vi leta efter mutationer i MUC2 och andra intressanta proteiner, mäta slemtjockleken och framförallt slemmets permeabilitet. Vi skall titta på slemmets sammansättningen både genom att analysera vilka gener som uttrycks och vilka proteiner som finns (proteomik) samt studera vilka bakterier som finns och vilka proteiner de tillverkar.