Okända epitoper och orsak till sjukdom

Här föreslår vi att tillskapa en intelligent uppsättning slumpmässigt utvalda ”sjukdomsstrukturer” (peptider) för att identifiera huvudsakligen tertiära och kvartenära epitoper som ses av det mänskliga immunsystemet. Immunoglobuliners  bindning till  peptider beror av dess form och laddningr, inte aminosyra sekvensen vilket sannolikt tillåter oss att också upptäcka okända antigena kolhydrater och lipider. Vi har nyligen studerat slumpmässiga genererade peptider in silico för teoretisk antigenicitet baserat på tidigare identifierade B-cellsepitoper. Detta genom att genom att tillskapa en ny matematisk formel som tillämpar ”Markov-” och ”Yen’s K-shortest path” algoritmer Vi kan därmed undersöka och rangordna ett ”oändligt” antal peptider för teoretiskt reaktivitet men har börjat med en delmängd (10-6). I första omgång har vi studerat  172 943 syntetiska peptider av praktiska skäl eftersom de får plats på ett array-glast. I preliminära experiment har vi  screenat mänskliga sera från patienter med ”diskreta och definierade’ neurologiska störningar, såsom obsessiv kompulsiv sjukdom eller amyotrofisk lateralskleros  och identifierade nya och unikt reaktiva sekvenser. Vi föreslår nu att utveckla diagnostiska analyser för att studera dessa och andra sjukdomar där orsakerna är okända tillsammans med experter inom området. I senare steg bör detta leda till en ökande förståelse rörande sjukdomarnas uppkomst och förhindrande.