Vid den stora tornbranden i Tyska kyrkan oktober 1878 totalförstördes tornet, orgeln och läktaren. En ny orgel projekterades av orgelbyggaren Per Larsson Åkerman och stod färdig 1884. Denna orgel var typisk för svensk samtida orgelbyggartradition, med såväl klangliga som tekniska lösningar inspirerade av tyska, franska och engelska orgelbyggare, en del av de unika i Sverige. Trots det förhållandevis ringa antalet stämmor var orgelns klang symfonisk och orkestral. Denna orgeltyp kom att starkt ifrågasättas av den i Tyskland under 1920-talet uppståndna ”Orgelbewegung” – Orgelrörelsen (som enklast kan beskrivas som orgelhistoriens ”Tillbaka till naturen”). I denna anda omgestaltades orgeln år 1959 då man ersatte ett antal typiskt romantiska, i klangen mjuka register med mer skarpt och ”barockmässigt” klingande stämmor (t.ex. Spetsflöjt och Krummhorn). År 1971 fattades beslut om att bygga en helt ny orgel i orgelrörelsestil. Under 1960- och 1970-talen gick en våg fram över många romantiska orglar, vilka skrotades och ersattes av hantverksmässigt undermåliga instrument. I Stockholms Stift bevarades bara tre orglar från det sena 1800-talet. Åkerman-orgeln i Tyska kyrkan magasinerades i församlingens källare år 1972. Planer är nu att dokumentera, restaurera och komplettera, och att återuppsätta historiska Åkerman-orgeln. Därmed kommer även kyrkorummets arkitektoniska homogenitet att återställas. I samband med invigningen ska en vetenskaplig dokumentation om orgeln publiceras.